La colección del Museo de Arte de Ponce articula su misión por las obras vinculadas a sus tres fortalezas: pintura y escultura europea desde el siglo XIV al siglo XIX; obras de artistas viviendo en Latinoamérica o descendientes de latinoamericanos desde el siglo XX hasta nuestros días; y obras de artistas viviendo en Puerto Rico o de descendencia puertorriqueña desde el siglo XVIII hasta la actualidad. Sin embargo existen otras colecciones las cuales generan diversidad y dan ayudan a gestar su carácter único, además de servir de referencia y dar resonancia con otros objetos en la colección. Estas colecciones son la colección de objetos prehispánicos y la colección de objetos africanos.

El Museo de Arte de Ponce cuenta con más de 240 objetos prehispánicos de los cuales más de 100 fueron donados por Lindsay y Lucille Duff en 1978. La colección prehispánica se compone de vasijas de barro decoradas con diseños geométricos, retratos de animales e individuos, utensilios de cobre y plata, tejidos decorativos, instrumentos para tejer y collares. Esta colección se ha presentado en conjunto con obras de arte de Latinoamérica haciendo referencias a las influencias prehispánicas dentro la abstracción. En su mayoría estos objetos corresponden a distintas culturas desarrolladas en Perú durante distintos periodos tales como Chancay, Chavin, Chimú, Guarmay, Huari, Inca, Lambayaque, Mochica, Nazca, Paracas y Recuay.